1939年9月、ドイツ軍がポーランドに侵攻し第二次世界大戦は勃発した。
物語はその前年から始まる。

歴史教師のハロルドは善良なる市民。
妻レナーテ、娘リーザ、妻の父コントラートとベルリンに暮らすミュラー一家は、
ごく一般的なドイツ人家庭。
1938年11月、ドイツ各地で起こったユダヤ人に対する組織的暴動事件（水晶の夜）直後、
事件を受けて亡命を決意したユダヤ人の友人オットーが今後のドイツを憂える。
ナチス支持者の妻レナーテは、時流に乗らない夫に物足りなさを感じている。
夫、妻、義父、夫の友人、妻の友人、それぞれの立場からナチスドイツを語る。
その数日後、ＳＳ（ナチス親衛隊）の友人ペーターが、
ハロルドに歴史の専門知識を活かした仕事をしてほしいとＳＳへの入隊を奨める。
乗り気のレナーテに対し、二の足を踏むハロルドだったが……、ついに入隊を決断する。
1940年7月フランスの降伏、1942年4月ホロコースト（ユダヤ人の組織的大量虐殺）開始、
1944年9月ドイツ軍敗色濃厚、1945年4月ベルリン陥落寸前、そして……。

ドイツ崩壊が進むにつれ、反比例するかのようにナチスに傾倒していく家族。
ナチス独裁政権下のベルリンを舞台に、物語は時を移して転がっていく。


※題名の「旗を高く掲げよ」は、ナチス（国家社会主義ドイツ労働者党）党歌名。
作詞者の名前から「ホルスト・ヴェッセルの歌」ともいう。
ナチス体制下では、第二国歌的な意味合いをもった。